เพลงอัลเทอร์เนทีฟในญี่ปุ่นเป็นฉากที่มีชีวิตชีวาและหลากหลายซึ่งได้รับการติดตามอย่างมากทั้งในประเทศและต่างประเทศ แนวเพลงประเภทนี้เกิดขึ้นในช่วงทศวรรษที่ 1980 และ 90 โดยเป็นปฏิกิริยาต่อเพลงป๊อปกระแสหลักที่มีอิทธิพลเหนือคลื่นวิทยุ และตั้งแต่นั้นมาก็พัฒนาเป็นแนวเพลงย่อยต่างๆ ที่มีลักษณะแนวทดลอง เปรี้ยวจี๊ด และไม่เป็นไปตามแนวเพลง หนึ่งในศิลปินที่โดดเด่นที่สุดในวงการเพลงอัลเทอร์เนทีฟของญี่ปุ่นคือ Shonen Knife วงดนตรีหญิงล้วนที่ก่อตั้งในโอซาก้าในปี 1981 เป็นที่รู้จักจากเสียงพังก์ร็อกพลังสูงและเนื้อเพลงที่เล่นโวหาร Shonen Knife ได้รับความนิยมตามหลังไม เฉพาะในญี่ปุ่น แต่ยังรวมถึงในสหรัฐอเมริกาและยุโรปที่พวกเขาได้ไปเที่ยวอย่างกว้างขวาง ศิลปินยอดนิยมอีกคนหนึ่งในแวดวงทางเลือกคือ Cornelius นักดนตรีอิเล็กทรอนิกส์และโปรดิวเซอร์ที่มีผลงานมาตั้งแต่กลางทศวรรษที่ 1990 ดนตรีของเขามาจากแนวเพลงที่หลากหลาย เช่น ร็อค ป๊อป และเทคโน และมักจะมีการสุ่มตัวอย่างที่สร้างสรรค์และเทคนิคการผลิต ศิลปินที่มีชื่อเสียงคนอื่นๆ ในแวดวงอัลเทอร์เนทีฟของญี่ปุ่น ได้แก่ Sakanaction วงดนตรีที่ผสมผสานดนตรีร็อค อิเล็กทรอนิกส์ และแดนซ์เพื่อสร้างเสียงที่เป็นเอกลักษณ์ Mass of the Fermenting Dregs เครื่องแต่งกายแนวร็อคหญิงที่ได้รับการยกย่องจากท่วงทำนองและการแต่งเพลงที่ซับซ้อน; และ Nujabes โปรดิวเซอร์และดีเจที่ผสมผสานดนตรีแจ๊สและฮิปฮอปเข้ากับดนตรีของเขา มีสถานีวิทยุหลายแห่งในญี่ปุ่นที่ให้บริการแฟนเพลงทางเลือก หนึ่งในสถานีที่ได้รับความนิยมมากที่สุดคือ FM802 ซึ่งเป็นสถานีในโอซาก้าที่เล่นเพลงทางเลือกหลากหลาย ตั้งแต่พังก์และอินดี้ไปจนถึงเทคโนและการเต้นรำ สถานีที่โดดเด่นอีกแห่งคือ Bay FM ซึ่งตั้งอยู่ในโยโกฮาม่าและมีการผสมผสานระหว่างดนตรีอัลเทอร์เนทีฟ ร็อก และป๊อป นอกจากนี้ J-Wave ในโตเกียวยังมีรายการทางเลือกมากมายที่ออกอากาศ ตั้งแต่อินดี้ร็อกไปจนถึงดนตรีอิเล็กทรอนิกส์และดนตรีแนวทดลอง โดยรวมแล้ว กระแสดนตรีทางเลือกในญี่ปุ่นยังคงเติบโตอย่างต่อเนื่องและดึงดูดแฟนเพลงทั้งในและต่างประเทศ ด้วยศิลปินที่มีพรสวรรค์ที่หลากหลายและสถานีวิทยุที่ให้การสนับสนุน แนวเพลงดังกล่าวจึงพร้อมที่จะก้าวข้ามขีดจำกัดและท้าทายบรรทัดฐานทางดนตรีแบบดั้งเดิมต่อไป