ดนตรีคลาสสิกมีประวัติศาสตร์อันยาวนานในเอสโตเนีย นักแต่งเพลงเช่น Arvo Pärt, Eduard Tubin และ Veljo Tormis ได้รับการยอมรับในระดับสากล Arvo Pärt อาจเป็นนักแต่งเพลงชาวเอสโตเนียที่มีชื่อเสียงที่สุด ซึ่งเป็นที่รู้จักจากสไตล์มินิมัลลิสต์และจิตวิญญาณของเขา ผลงานของเขาได้รับการจัดแสดงเป็นประจำโดยวงออร์เคสตราและวงดนตรีทั่วโลก
เอสโตเนียยังมีเทศกาลดนตรีคลาสสิกที่มีชื่อเสียงหลายแห่ง รวมถึงเทศกาลดนตรี Pärnu ซึ่งจัดขึ้นทุกฤดูร้อนและมีนักดนตรีและนักแสดงที่มีชื่อเสียงระดับโลก
ในแง่ของวิทยุ สถานี เพลงคลาสสิกช่อง Klassikaraadio ของสถานีแพร่ภาพสาธารณะเอสโตเนียเป็นตัวเลือกยอดนิยม โดยมีรายการเพลงคลาสสิกหลากหลาย รวมถึงการแสดงของนักดนตรีท้องถิ่นและนานาชาติ สถานีวิทยุอื่นๆ เช่น Raadio Klassika และ Vikerraadio มีรายการเพลงคลาสสิกด้วย
นอกจากประเพณีดนตรีคลาสสิกแล้ว เอสโตเนียยังมีฉากเพลงประสานเสียงที่มีชีวิตชีวา โดยมีนักร้องประสานเสียงมือสมัครเล่นและมืออาชีพจำนวนมากที่ร้องเพลงประสานเสียงแบบดั้งเดิมและร่วมสมัย Estonian Philharmonic Chamber Choir และ Estonian National Symphony Orchestra เป็นหนึ่งในวงดนตรีคลาสสิกที่มีชื่อเสียงที่สุดในประเทศ