หนึ่งในวงดนตรีอัลเทอร์เนทีฟที่ได้รับความนิยมมากที่สุดในเอสโตเนียคือ Ewert และ The Two Dragons วงอินดี้ร็อกวงนี้ได้รับการยอมรับในระดับสากลจากเสียงที่เป็นเอกลักษณ์และท่วงทำนองที่ติดหู เพลงของพวกเขามีกลิ่นอายของดนตรีพื้นบ้าน โดยมีเพลงยอดนิยม ได้แก่ "Good Man Down" และ "Pictures"
วงดนตรียอดนิยมอีกวงคือ Pia Fraus ซึ่งเป็นที่รู้จักจากเสียงที่ได้แรงบันดาลใจจากรองเท้าที่ดูชวนฝัน เพลงของพวกเขาได้รับการอธิบายว่าเป็นการผสมผสานระหว่าง Cocteau Twins และ My Bloody Valentine และพวกเขาได้รับฐานแฟนเพลงที่เหนียวแน่นทั้งในเอสโตเนียและต่างประเทศ