Muzika klasike ka një histori të pasur në Estoni, me kompozitorë si Arvo Pärt, Eduard Tubin dhe Veljo Tormis që fitojnë njohje ndërkombëtare. Arvo Pärt është ndoshta kompozitori më i famshëm estonez, i njohur për stilin e tij minimalist dhe shpirtëror. Veprat e tij performohen rregullisht nga orkestra dhe ansamble në mbarë botën.
Estonia ka gjithashtu disa festivale të shquara të muzikës klasike, duke përfshirë Festivalin e Muzikës Pärnu, i cili zhvillohet çdo verë dhe përfshin muzikantë dhe interpretues të njohur botëror.
Për sa i përket radios stacionet, kanali i muzikës klasike i Transmetimit Publik Estonez Klassikaraadio është një zgjedhje popullore, që paraqet një gamë të gjerë programesh të muzikës klasike, duke përfshirë shfaqje nga muzikantë vendas dhe ndërkombëtarë. Stacione të tjera radio si Raadio Klassika dhe Vikerraadio shfaqin gjithashtu programe të muzikës klasike.
Përveç traditës së muzikës klasike, Estonia ka një skenë të gjallë muzikore korale, me shumë kore amatore dhe profesionistë që performojnë vepra korale tradicionale dhe bashkëkohore. Kori i Dhomës së Filarmonisë Estoneze dhe Orkestra Simfonike Kombëtare e Estonisë janë ndër ansamblet më të njohura të muzikës klasike në vend.