A música clássica tem uma história rica na Estônia, com compositores como Arvo Pärt, Eduard Tubin e Veljo Tormis ganhando reconhecimento internacional. Arvo Pärt é talvez o mais famoso compositor estoniano, conhecido por seu estilo minimalista e espiritual. As suas obras são regularmente tocadas por orquestras e conjuntos de todo o mundo.
A Estónia também tem vários festivais notáveis de música clássica, incluindo o Pärnu Music Festival, que decorre todos os verões e apresenta músicos e intérpretes de renome mundial.
Em termos de rádio estações, o canal de música clássica da Estonian Public Broadcasting, Klassikaraadio, é uma escolha popular, apresentando uma ampla variedade de programação de música clássica, incluindo apresentações de músicos locais e internacionais. Outras estações de rádio, como Raadio Klassika e Vikerraadio, também apresentam programas de música clássica.
Além da tradição da música clássica, a Estônia tem uma vibrante cena musical coral, com muitos coros amadores e profissionais apresentando obras corais tradicionais e contemporâneas. O Coro de Câmara Filarmônico da Estônia e a Orquestra Sinfônica Nacional da Estônia estão entre os conjuntos de música clássica mais conhecidos do país.