Alternatieve genremuziek in Puerto Rico wint de afgelopen jaren gestaag aan populariteit. Met zijn unieke mix van Caribische ritmes en punk- en rockinvloeden zorgt alternatieve muziek voor een verfrissende afwisseling van de meer traditionele muziekstijlen die op het eiland te vinden zijn. Enkele van de meest populaire alternatieve artiesten in Puerto Rico zijn Fofé Abreu y la Tigresa, Buscabulla en AJ Dávila. Zo vermengen Fofé Abreu y la Tigresa retrogeluiden met hedendaagse pop, terwijl Buscabulla Latijnse ritmes doordrenkt met dreampop en electrofunk. AJ Dávila daarentegen staat bekend om zijn door garagerock en punk beïnvloede geluid. Radiostations in Puerto Rico die alternatieve muziek spelen, zijn onder meer WORT, dat in de eerste plaats een onafhankelijk radiostation is waarmee Puerto Ricanen nieuwe en unieke Puerto Ricaanse muziek kunnen horen. Een ander populair radiostation is WXYX-FM, ook wel bekend als "Rock 100.7 FM". Dit station speelt rock, metal en alternatieve muziek en wordt beschouwd als een van de beste alternatieve radiostations in Puerto Rico. Over het algemeen is alternatieve muziek in Puerto Rico een groeiend genre dat een fris en uniek geluid biedt dat verschilt van traditionele Puerto Ricaanse muziek. Met de stijgende populariteit van alternatieve muziek en de groei van de Puerto Ricaanse muziekindustrie, is het waarschijnlijk dat we meer getalenteerde en innovatieve artiesten van het eiland zullen blijven zien opkomen.