Az alternatív műfajú zene Puerto Ricóban az elmúlt néhány évben folyamatosan népszerűvé vált. A karibi ritmusok, valamint punk és rock hatások egyedülálló keverékével az alternatív zene frissítő változást kínál a szigeten megtalálható hagyományosabb zenei stílusokhoz képest. Puerto Rico legnépszerűbb alternatív művészei közé tartozik a Fofé Abreu y la Tigresa, a Buscabulla és AJ Dávila. A Fofé Abreu y la Tigresa például ötvözi a retró hangzást a kortárs popdal, míg a Buscabulla latin ritmusokat áraszt át a dream-poppal és az elektrofunkkal. AJ Dávila viszont garázsrock- és punk-hatású hangzásáról ismert. Az alternatív zenét játszó Puerto Rico-i rádióállomások közé tartozik a WORT, amely elsősorban egy független rádióállomás, amely lehetővé teszi a Puerto Ricó-iak számára, hogy új és egyedi puerto rico-i zenét halljanak. Egy másik népszerű rádióállomás a WXYX-FM, más néven „Rock 100.7 FM”. Ez az állomás rockot, metalt és alternatív zenét játszik, és Puerto Rico egyik legnépszerűbb alternatív rádióállomásaként tartják számon. Összességében az alternatív zene Puerto Ricóban egy növekvő műfaj, amely friss és egyedi hangzást kínál, amely különbözik a hagyományos Puerto Ricó-i zenétől. Az alternatív zene növekvő népszerűsége és a Puerto Ricó-i zeneipar növekedése miatt valószínű, hogy továbbra is egyre több tehetséges és innovatív művész jelenik meg a szigetről.