موسیقی جایگزین صحنه ای زیرزمینی و در عین حال پر رونق در پاناما دارد. این ژانر طیف گستردهای از سبکها از جمله پانک، ایندی و راک تجربی را در بر میگیرد و اغلب با عدم انطباق، ایدئولوژیهای ضد نظام و روحیه DIY همراه است. اگرچه موسیقی آلترناتیو در پاناما جریان اصلی نیست، پیروان و مکانهایی اختصاصی وجود دارند که به جامعه فعالی از دوستداران موسیقی آلترناتیو خدمت میکنند. برخی از محبوبترین هنرمندان آلترناتیو در پاناما عبارتند از Los Rápidos، یک گروه پانک راک با پیام سیاسی قوی، و Circo Vulkano، یک گروه موسیقی پرانرژی که پانک، کامبیا و راک را ترکیب میکند. از دیگر گروههای برجسته میتوان به Autopánico، Holy Félix، و Señor Loop اشاره کرد. از نظر ایستگاه های رادیویی، تعداد کمی وجود دارند که در موسیقی جایگزین تخصص دارند. یکی از بزرگترین آنها Radio Ambulante است که ترکیبی از موسیقی آلترناتیو آمریکای لاتین و بینالمللی از جمله راک مستقل، پانک و موسیقی الکترونیک را ارائه میکند. ایستگاه محبوب دیگر رادیو امگا است که ترکیبی از راک، متال و موسیقی آلترناتیو پخش می کند. به طور کلی، صحنه موسیقی جایگزین در پاناما کوچک است اما در حال رشد است. در حالی که ممکن است به اندازه ژانرهای دیگر مورد توجه قرار نگیرد، هنرمندان و طرفدارانی که آن را خلق می کنند و از آن حمایت می کنند، مشتاق هستند و به شدت وقف زنده نگه داشتن روح موسیقی جایگزین در کشور خود هستند.